Mit einem höherem Budget ausgestattet, setzt Guillermo Del Toro wieder auf den immensen Charme der Figuren aus Teil 1, hat aber auch deutlich mehr Action und ungewöhnliche Kreaturen im Gepäck, die für die Schauwerte hinter der Story sorgen.
Seit Ewigkeiten herrscht ein fragiler Waffenstillstand zwischen unserer Welt und einer mystischen Paralleldimension voller bizarrer Kreaturen. Er wird gebrochen, als Prinz Nuada der Menschheit den Krieg erklärt.
Die amerikanische Regierung wendet sich in ihrer Verzweiflung an das Bureau of Paranormal Research and Defense und bittet Hellboy und seine Kollegen um Hilfe. Sie sollen der Sache auf den Grund gehen und entdecken, dass Nuada es sich zum Ziel gemacht hat, die unbesiegbare goldene Armee zu neuem Leben zu erwecken.